1990 wurde der Müritz-Nationalpark als geschütztes Areal mit 322 km² Fläche am Ostufer der Müritz ausgewiesen, der stellenweise eine einzigartige Flora und Fauna aufweist. Zur Landschaftspflege werden hier Fjäll-Rinder und Gotlandschafe eingesetzt. Als Naturschutzgebiete sind die Halbinseln Großer Schwerin und Steinhorn sowie deren Umfeld im Südwesten und das Müritzsteilufer bei Rechlin im Südosten des Sees ausgewiesen. Mit Ausnahme der durch den Nationalpark abgedeckten kleinen Wasserfläche im Osten der Müritz ist die gesamte Müritz Landschaftsschutzgebiet.